Wen's Go Blog

Selamat datang di tahap paling rumit dan memusingkan. Di sini amat sangat dibutuhkan konsentrasi, kesabaran, ketelitian dan ketajaman penglihatan. Ditinggal kedip aja bisa buyar apalagi diajak ngobrol oh no...!! Jadi tahap ini sebaiknya dilakukan dalam suasana tenang.

Reagen PCR master mix disimpan di dalam freezer sehingga harus dicairkan dulu dengan sempurna pada suhu ruang. Alat PCR menggunakan Light Cycler 480 II dengan multiwell plate 384. Dimana bisa running 384 sampel sekaligus. Alat ini bisa menerima banyak reagen. Saya akan mengambil contoh 1 saja reagen yang pernah saya pakai yaitu produk BioSewoom.

Sebelum memakai reagen produk apapun harus dioptimasi terlebih dahulu dengan kontrol negatif dan positif. Dicoba menggunakan beberapa reaksi antara 1 reaksi, 0.5 atau 0.25. Jika uji kontrol sudah sesuai barulah bisa digunakan untuk uji sampel pasien.

Sebelum membuat master mix penting sekali untuk membuat peta plate seperti di bawah ini.

Perhitungan pada tabel di atas adalah untuk 1 reaksi. Sedangkan pada alat Light Cycler 480 multiwell plate 384 lebih bagus menggunakan 0.5 reaksi. Sehingga angka-angka yang berada di dalam tabel tersebut harus dibagi dua. 

Contoh perhitungan untuk 250 sampel. Disarankan membuat lebih karena pada saat dibagi-bagikan ke plate akan ada reagen yang menempel dan ikut terbawa sekian mikro di tips (pippeting errors). Misalkan 250 setidaknya ditambahkan 20 untuk pippeting errors dan 2 kontrol jadi 272. Jika tidak cukup meraciknya lagi lumayan ribet.

Berapa banyak reagen yang harus dipipet?

- PCR Mix : 6.25 uL x 272 = 1700 uL

- PROBE : 1.5 uL x 272 = 408 uL

- Enzyme : 0.5 uL x 272 = 136

- Water : 1.75 uL x 272 = 476

* Total 10 uL x 272= 2720 uL.

2720 uL master mix ini kemudian dipipet 10 uL ke multiwell plate dengan panduan peta yang telah dibuat. Lalu ditambahkan RNA pasien (hasil ekstraksi) sebanyak 2.5 uL. Menambahkan RNA ini harus ekstra hati-hati. Selain volumenya sangat kecil, warnanya pun bening. Pastikan benar-benar terpipet dan letak lubang tidak boleh salah. Konsentrasi full. Sebaiknya didampingi asisten untuk membacakan petanya. 

Bagi petugas baru yang belum terbiasa disarankan tidak mengerjakan dalam jumlah yang banyak karena proses ini harus dilakukan secepatnya mengingat stabilitas reagen master mix tidak lebih dari 3 jam (tergantung jenis reagen). Untuk memproses 250 sampel membutuhkan waktu setidaknya 2 jam bagi yang sudah terlatih.

Setelah semua sampel masuk ke dalam multiwell plate lalu plate ditutup menggunakan sealing foil dan siap diproses ke tahap selanjutnya yaitu dimasukkan ke alat RT-PCR Light Cycler 480 II. Alat ini akan bekerja selama 1.5 jam.

Sambil menunggu proses petugas bisa istirahat, sholat dan makan. Tapi biasanya berhubung mengejar target waktu jam kerja 8 jam beberapa tahap yang bisa ditunda akan dilakukan pada waktu ini. Seperti check in scan barcode, memprogram plate di komputer alat PCR serta membarcode nomer sampel dan mencatat sampel di buku manual. Harus bekerja secara efektif dan efisien agar tidak pulang telat hehehe....

 

 

Hasil yang keluar dari alat PCR akan langsung terkirim ke sistem komputerisasi di laboratorium. Pada reagen BioSewoom terdapat 3 target yang digunakan untuk mendeteksi virus SARS-CoV2 yaitu Gen RdRP, Gen E dan HRP. Bisa juga berbeda nama gen target pada reagen lain seperti Gen Orf1ab dan Gen N. Penjelasannya nanti diakhir cerita.

Hasil dinyatakan positif jika keluar nilai (CT value) pada ketiga target tersebut sedangkan hasil negatif akan keluar nilai HRP saja. HRP adalah DNA manusia yang bisa dijadikan sebagai kontrol ekstraksi. Nilai HRP ini harus keluar baik pada hasil positif maupun negatif. Jika tidak maka hasil dianggap invalid (ekstraksi tidak berhasil) dan harus diulang proses dari awal. Hasil invalid ini dapat disebabkan oleh beberapa faktor, bisa karena ekstraksi yang bermasalah atau pengambilan sampel swab yang tidak benar sehingga tidak ada material genetik yang terambil. Jika diulang proses tetap tidak berhasil berarti harus diambil swab ulang. Teknik pengambilan swab juga berpengaruh terhadap hasil tes PCR ini.

Jika hanya keluar salah satu gen antara RdRP atau E saja maka harus diulang PCR. Hanya diulang di proses yang direaksikan dengan reagen master mix. Mutlak tidak boleh tidak. Sedangkan diulangnya harus menunggu shift berikutnya jika sehari di lab yang bersangkutan terdapat 2 shift. Tapi jika hanya 1 shift terpaksa harus menunggu hari berikutnya bersamaan dengan sampel-sampel yang baru. Jadi sabar yaa...

Kira-kira begitulah kenapa tes PCR hasilnya bisa lama. Dibalik itu semua Inem di dapur telah berusaha semaksimal mungkin. Namun jika ternyata harus diproses ulang ya apa boleh buat. Kenapa proses ulang bisa terjadi? HANYA ALAT DAN ALLAH YANG TAU dan akan diketahui diakhir proses secara keseluruhan. Jadi tidak usah marah mending berdoa saja agar prosesnya lancar.

Virus SARS-CoV2 memiliki struktur yang kompleks dan tersusun atas protein diantaranya, spike protein (S1, S2), envelope protein (E),  nucleocapsid protein (N), protein membran, protein RdRP dan lain-lain.  Kompleks protein ini tentunya memiliki penanda gen tertentu, sehingga dalam tes PCR akan dideteksi gen yang mengekspresikan protein tersebut.

Beberapa gen target SARS-CoV2 tersebut telah disarankan oleh WHO diantaranya merujuk kepada protocol beberapa Lembaga Kesehatan di dunia seperti CDC Cina (ORF1ab dan N), Charite-Jerman (RdRp dan E), dan CDC Amerika Serikat (3 jenis sekuen gen N).

Pada tes PCR untuk COVID-19, alat PCR akan melakukan amplifikasi (pemeriksaan berulang) untuk menentukan apakah sampel mengandung materi genetik SARS-CoV2.

Satu siklus amplifikasi ini dinamakan CT value atau cycle threshold value. CT value bisa disebut sebagai nilai batas ambang siklus. Pada reagen BioSewoom pengulangan proses amplifikasi untuk mendeteksi keberadaan DNA atau RNA SARS-CoV2 adalah sebanyak 38 atau disebut CT value 38. Contoh lagi pada reagen Sansure Biotech mempunyai CT value 40. Setiap lab bisa berbeda standarnya, tergantung dari produk reagen yang digunakan.

Semoga semua ini bisa menjawab penasaran tentang dibalik layar pemeriksaan PCR untuk Covid-19. Tetap hati-hati patuh terhadap protokol kesehatan agar jangan sampai diswab. Jangan lupa juga makan makanan bergizi dan minum vitamin. Bisa dibeli di Apotek Herbana langganan saya. Yang pasti bisa di kirim ke seluruh Indonesia. Alamat dan nomor telponnya nanti deh biar ownernya sendiri menuliskan di kolom komentar. Bulek Tati ditunggu...

Berbekal kamera jadul jam 03.00 WIB saya memesan maxim untuk pergi ke rumah bulek. Harus pagi-pagi sekali karena lokasi baksos yang teramat jauh dengan medan berliku. Bulek sudah berdandan rapi dengan segala perbekalannya. Pak Iwan driver langganan bulek datang menjemput tak berapa lama kemudian.

Jam 03.30 kami berangkat menghampiri Chris. Rupanya Chris belum selesai mencukur kumis dan jenggot sehingga baru menampakkan diri 30 menit kemudian. Sementara kami duduk bertiga di bangku tengah. Chris di sebelah kanan, Bulek di sebelah kiri saya.

"Lu nginep?" tanya Chris mengira saya menginap di rumah bulek.

"Nggak tadi naik maxim"

"Naik maxim?" Chris memandang ke saya tampak bingung memikirkan sesuatu yang rumit.

"Iya tadi jam 3" jelas saya malah semakin membuat Chris berpikir lebih keras.

Saya menoleh ke bulek "Dia kenapa?"

"Kyanya elu dikira Zulhijrah hahahaa..." bisik bulek sambil menahan tawa.

"Kalau gitu gue diem aja ya"

"Iya diem aja, gue nggak bilang kalau elu ikut, pasti ntar kaget kok ada Zulhijrah lagi hahaha..."

Demi sempurnanya sandiwara saya diam membisu pura-pura mejamkan mata sambil sesekali melirik ke bulek. Untung pakai masker sehingga ada pelindung saat tak bisa berhenti menertawakan Chris.

Zulhijrah biasa disapa Mbak Izul adalah seorang apoteker teman bulek sesama pengurus ATB (Apoteker Tanggap Bencana). Tinggal di Cikande Serang. Naik maxim jam 3 pagi ke rumah bulek di Cilegon sepertinya agak janggal. Begitu mungkin yang dipikirkan Chris. Sebenarnya Mbak Izul menunggu di Rangkas Bitung.

Beberapa orang bilang Mbak Izul mirip saya. Tapi saya nggak merasa mirip. Justru lebih mirip ke sepupu saya. Sepintas mungkin ada sesuatu yang serupa karena kami sama-sama berkacamata dan bertinggi badan sama.

Merapat ke Rangkas Bitung, driver mulai sibuk menerima telpon dari Mbak Izul yang menjelaskan di mana posisinya. Akhirnya Chris tersadar ternyata dia salah orang. "Itu Izul nelpon trus ini siapa Cik Wen ya?" hahahaa...

Perjalanan menuju lokasi memakan waktu lebih dari 3 jam. Setelah mengalami banyak drama seperti menerjang hujan, mobil selip, mual-mual, kebelet pipis dan beberapa mobil rombongan terpisah akhirnya kami masuk ke desa lokasi baksos. Semakin mendekat ke area, jalan semakin licin, berlubang, berkelok dengan turunan dan tanjakan tajam. Mobil kecil tidak bisa menjangkaunya. Terpaksa harus berhenti di tempat aman dan penumpang dijemput dengan mobil Ranger. Pun begitu tak mengurangi semangat para relawan ini.

Baksos berjalan lancar didukung cuaca sangat cerah pada siang itu. Diluar dugaan pasien membludak 2 kali lipat. Para relawan berjuang keras agar semua terlayani walaupun akhirnya dengan terpaksa harus membatasi waktunya. Saya menyaksikan tulusnya beliau-beliau semua. Luar biasa. Hanya Allah yang akan membalasnya.

Selesai baksos selang 2 hari Bulek Tati, Mbak Izul beserta jajarannya sudah membahas lagi rencana ke depan yaitu baksos berikutnya. Jadwal survey pun mulai ditentukan. Mantab jiwa tidak ada istirahatnya. Saya hanya melihat grup sambil rebahan dan memantau perkembangan siapa tau diajak lagi.

Sepuluh hari kemudian bulek sudah berangkat survey ke lokasi baksos berikutnya yaitu di daerah Bayah Banten Selatan, lebih jauh dari pada lokasi sebelumnya. Turut serta Mbak Izul dan Chris. Terlihat dari foto bersama tim survey di status WAnya.

Saya berangkat kerja seperti biasa. Mengumpulkan sampel swab di ruang sampling lalu membawanya ke lab PCR untuk diproses hingga merelease hasil positif atau negatif. 

Beberapa orang yang saya temui tiba-tiba menyapa "Abis jalan-jalan ya, acara apa?" Saya hanya bengong karena merasa tidak dari mana-mana selain kost'an dan RS. Sesekali memang ditugaskan mengambil swab onsite ke pabrik. Mungkin itu yang dimaksud jalan-jalan.

"Biasa abis dari pabrik" jawab saya alakadarnya.

"Bukan yang foto di pantai itu"

"Pantai yang mana?"

"Yang di status Bulek Tati, emang itu foto lama?"

Bulek Tati memang mampir sejenak ke pantai disela-sela survey baksos dan memasang foto di status WA.

"Oh itu di Sawarna, baru kemarin"

Agak mengherankan kenapa bulek yang pergi, saya yang ditanya. Kenapa nggak nanya sendiri?

Saya mulai teringat Chris saat pagi-pagi menuju Baduy. Apakah orang-orang ini juga mengira Mbak Izul adalah saya? Meluncur chat ke bulek minta foto di pantai yang ada Mbak Izulnya. Lalu saya coba pasang di status dengan caption "Refreshing dulu ya gaes".

Benar saja saya mulai diberondong pertanyaan dari sebagian orang yang melihat foto itu. "Cik Wen ini dimana? Acara apa? Kapan? Sama siapa aja? Naik apa?" dan seabreg pertanyaan lainnya. O'ouw....!!! Jadi ini rupanya.

Melihat kekonyolan ini rasanya sayang sekali kalau tidak dibikin drama sekalian sampai 10 episode. Jangan klarifikasi dulu deh biarkan saja sampai mereka tersadar dengan sendirinya. Tapi mohon ampunilah dosa kami Ya Allah hahahaa...

"Itu di Sawarna..."

"Jauh ya"

"Banget...."

"Acara apa?"

"Survey baksos"

"Btw Cik Wen sekarang beda banget, lebih cantik, lebih gemukan, bikin pangling"

"Alhamdulillah... Sekarang udah makmur, gizinya bagus, vitaminnya cocok dan pakai skincare mahal makanya jadi lebih kinclong"

"Asli pangling beda banget loh"

Ya iya atuh beda banget namanya juga beda orang.

"Jadi mendingan gue yang dulu apa sekarang?"

"Yang sekarang donk, cantik banget" itu tuh Mbak Izul ya bukan gue hellooo...

Hari-hari berikutnya masih saja drama ini berlanjut. Masih saja ditanya tentang Bulek Tati begitu juga sebaliknya Bulek Tati ditanya tentang saya. Saya memang akrab dengan bulek tapi jarang ketemu. Susah sekali menyamakan waktu luang dengan bulek yang punya segudang acara sehari-harinya. Chat pun jarang kecuali memang lagi butuh obat buat anak-anak pesantren.

Jika diingat-ingat kembali 3 tahun belakangan ini memang saya sering dibuat bingung. Paling membingungkan saat ditodong pertanyaan "Kemarin di Banten TV ngapain?" Untunglah sebelumnya bulek pernah cerita tentang syuting di Banten TV memberi edukasi soal obat. Saya diberitahu jadwal tayangnya walaupun akhirnya nggak nonton juga karena nggak punya TV. Setidaknya bisa menjawab pertanyaan orang-orang yang penasaran dengan kegiatan bulek.

Pernah juga bos di ruangan saya tiba-tiba nyeletuk "Kamu ikut Bulek Tati ke Bandung ya" Padahal saat itu sedang jarang sekali berinteraksi dengan bulek. Bulek sibuk RAKERNAS di Bandung. Jangankan ketemu chat aja nggak pernah. Dalam kondisi begitu bulek sudah pasti susah dihubungi. Chat nggak dibales, kalaupun dibales bisa besoknya atau beberapa hari kemudian.

Begitulah adanya tapi orang-orang selalu menganggap seolah kemana bulek pergi di situ pasti ada saya. Tanpa memandang acara apa. Kalau acara formal apoteker ya mana mungkin saya ikut. Entahlah mereka sering menyimpulkan demikian.

Setelah menghubungkan dengan kisah Chris yang sempat salah orang dan menelusuri kembali jejak bulek, rupanya selama berkegiatan mengenai apoteker bulek selalu beredar bersama Mbak Izul. Di Banten TV, di Bandung, baksos ATB, workshop atau acara apoteker lainnya. Daann rupanya pada salah orang Mbak Izul dikira saya. Akhirnyaaaa terbongkar juga setelah saya ikut di acara mereka berdua. Seandainya ya tau dari awal. Sandiwara bakal dibuat lebih panjang lagi.

Di acara Baksos Baduy pun saya sempet disapa oleh seorang dokter seperti sudah lama kenal padahal baru sekalinya ketemu. Entah memang beliau yang terlalu ramah atau salah sasaran.

Alhamdulillah hanya tukang rebahan jadi disangka aktif kemana-mana. Berkegiatan positif pula. Belum tau dia di balik itu semua ada putri yang tertukar.